Алия 1985 жылы Албан еңбек партиясы Орталық комитетінің бірінші хатшысы болды. Оны партияның негізін қалаушы және Албанияны 44 жыл басқарған Энвер Ходжа өзінің мұрагері етіп тағайындаған болатын.
Алия 1991 жылы елді демкратиялық сайлауға жеткізіп, өзі президент болып сайланды. Алайда бір жылдан кейін ол отставкаға шықты. 1994 жылы Алияны билікті өз мақсатына пайдаланды деген айыппен жеті жылға түрмеге қамады. 1997 жылғы елді қамтыған жаппай толқу кезінде Алия күзетшілердің ереуілі кезінде көптеген сотталушылармен бірге түрмеден босап шықты.