Қазақстан Республикасы Президентінің 1992 жылғы желтоқсанның 12-ндегі «Қазақстан Республикасының қаржы, салық және кеден қызметін қайта құру туралы» Жарлығын орындау мақсатында осы қызметтердің барлығы бір жүйеге - ҚР Қаржы министрлігіне біріктірілді. ҚР Кеден комитеті Қазақстан Республикасы Қаржы министрлігінің Бас кеден басқармасы болып қайта құрылды.
ҚР Кеден органдарының негізгі қызметі - Қазақстан Республикасы экономикалық қауіпсіздігін қамтамасыз ету, материалдық және мәдени құндылықтарды заңсыз шет елге шығарудың алдын алу, қару-жарақ, есірткі заттар тасымалдауға тосқауыл болу, контрабандамен күрес, республика бюджетіне кеден салығының уақытында түсіп отыруын қамтамасыз ету, Қазақстан Республикасының шекарасы арқылы азаматтар мен автокөлік өткізу жұмысын ұйымдастыру және басқалар. Ең басты мақсатының бірі - кәсіби деңгейі жоғары кеден қызметінің мамандарын даярлап шығару.